循环水养殖系统的的水处理工艺中必须安装微滤机。微滤机去除循环水中固态悬浮的功能，对系統中生物滤床硝化作用有正面的影響。虽然氨氮转化菌的生长也需要一定的有机物, 鱼类排泄物及饵料残渣使养殖水体的有机物含量较高，过多的有机物会引发有机物消化菌的繁殖,并与氨氮转化菌在生物膜中竞争生长空间、溶解氧及营养物。有机物消化菌的繁殖率比氨氮转化菌要快得多,这将造成养殖系统生物过滤器氨氮去除率低，例如,当生化需氧量(COD)与氨态氮之比大于2.7时,氨氮去除率将下降70%左右。有实验表明使用微滤机，生物滤床进、出水口之亚硝酸态氮浓度平均差高于0.4mg/L，不使用微滤机之平均浓度差为0.1mg/L以下。所以微滤机對循环水养殖系統的水质改善具有实质上的貢献。对于降低养殖排放水对环境所造成的影响及节省水资源，有很大的益处；